Zbiory działu archeologicznego nie odzwierciedlają faktycznego stanu badań archeologicznych w regionie bocheńskim, nie reprezentują także wszystkich okresów chronologicznych i kultur archeologicznych zasiedlających ten region w pradziejach.
Zdecydowana większość materiałów pozyskanych w trakcie badań archeologicznych na Ziemi Bocheńskiej znajduje sie w ośrodkach i instytucjach, które prowadziły te badania, tj. w Muzeum Żup Krakowskich w Wieliczce, Muzeum Archeologicznym w Krakowie, Polskiej Akademii Nauk w Krakowie, Instytucie Archeologii UJ w Krakowie, Muzeum Regionalnym w Tarnowie, Pracowni Konserwacji Zabytków w Tarnowie.
Muzeum nie posiada materiałów z takich stanowisk jak: osady w Łężkowicach i Targowisku, grodzisk w Chełmie, Łapczycy, Kopalinach Pogwizdowskich, cmentarzysk w Mikluszowicach, Moszczenicy, Jawczycach i Łężkowicach.
Brak również materiałów z badań sondażowych i nadzorów archeologicznych w samej Bochni z lat 50, 60, 70-tych.