Początki kolekcji archeologicznej wiążą się – podobnie jak początki pozostałych zbiorów- z osobą twórcy i pierwszego dyrektora Muzeum w Bochni Stanisława Fischera. W gromadzonych przez Niego, w ciągu wielu lat zbiorach, dość wcześnie pojawiają się przedmioty reprezentujące kulturę materialną społeczeństw pradziejowych z obszaru bocheńszczyzny. Starożytność, pozostawała jednakże, na uboczu Jego zainteresowań. W efekcie Fischer ograniczał się jedynie do włączania w zasoby swoich zbiorów zabytków archeologicznych ofiarowywanych mu przez przypadkowych znalazców, pragnących wnieść swój niewielki wkład w powstanie Muzeum w Bochni. Trudno ustalić, który z zabytków zainicjował powstanie Zbioru Archeologicznego. Prawdopodobnie były to dwie greckie lampki oliwne podarowane Fischerowi przez dr Gejzę Bukowskiego (1858-1937r.) geologa, który nabył je w czasie pobytu na wyspie Rodos. Pochodzić miały z rozkopanego wówczas (tj.ok.1887r.) jednego z tamtejszych grobów szybowych(?). Paradoksalnie, lampki te ze względu na swe Śródziemnomorskie pochodzenie, wyraźnie odbiegają od pozostałych zabytków archeologicznych zgromadzonych w bocheńskim Muzeum. Poważnym impulsem skłaniającym do zainteresowania się starożytnością stały się przypadkowe znaleziska monet rzymskich z terenu miasta i jego najbliższych okolic. Starsze odkrycia z XIX wieku i okresu międzywojennego wkrótce potem zaginęły. Część młodszych znalezisk trafiło do rąk Fischera, zwykle jednak pozbawione informacji o miejscu ich odnalezienia, charakteru znalezisk i kontekstu. Niestety ten fakt znacznie ogranicza ich wartość naukową. Ostatecznie znajdująca się w zbiorach Muzeum kolekcja monet starożytnych składa się z dwóch monet cesarza Trajana, 4 monet Hadriana, 4 monet cesarza Konstantyniana, monety Gordiana III, cesarzowej Faustyny, Maksymiliana i Walentyniana, oraz jednej monety bliżej nieokreślonej – bardzo zniszczonej. Tuż po wojnie (1949r.) do rąk St. Fischera trafił bogaty i cenny zbiór narzędzi kamiennych i krzemiennych oraz ceramiki (dwie urny łużyckie) z okolic Łężkowic, Książnic i Targowiska (obecnie miejscowości te znajdują się na obszarze powiatu wielickiego). Zabytki te ofiarował na rzecz przyszłego Muzeum ks. J. Motyka, proboszcz z Łężkowic a zarazem archeolog – amator, pierwszy miłośnik starożytności na bocheńszczyźnie. W roku 1969 do Muzeum wpłynęły materiały z badań wykopaliskowych na terenie dworu w Wieruszycach (m.in. ceramika, szkło, porcelana, kafle i przedmioty żelazne) pochodzące głównie z wieku XVI. Trzy lata później zbiory archeologiczne powiększyły się o materiały z badań archeologiczno – architektonicznych na zamku w Dębnie (obecnie pow. Brzeski). Po wstępnym opracowaniu oddano je w depozyt do Muzeum w Dębnie. Opracowania materiału masowego z Wieruszyc i Dębna podjął się Maciej Szope z Muzeum Okręgowego w Tarnowie, współpracujący z bocheńskim Muzeum do końca lat 70-tych.Te i inne zabytki archeologiczne – najczęściej kamienne i krzemienne siekiery, topory, rdzenie, wióry i odłupki odnajdywane przy okazjach np. prac polowych -ofiarowywane przez cały okres powojenny przez przypadkowych znalazców, początkowo włączano do Działu Historycznego. Z inicjatywy Haliny Kasprzykowej ówczesnej szefowej Działu utworzono Dział Archeologiczny włączając weń całość posiadanych materiałów archeologicznych z wyjątkiem numizmatów. Stworzenie nowego Działu wymagało zatrudnienia w Muzeum archeologa. Od września 1979 r. stanowisko to objęła Jadwiga Cholewa. I chodź pracowała tu tylko kilkanaście miesięcy, po jej odejściu nie zlikwidowano Działu Archeologicznego, mimo że pozostawał on bez opieki przez 19 lat. Obecność archeologa w Bochni rychło zaowocowała odkryciem w niedalekim Krzeczowie osady z okresu wpływów rzymskich. Wyniki podjętych od razu przez J. Cholewę badań wykopaliskowych -w postaci licznej ceramiki i przedmiotów metalowych -zasiliły zbiory Działu Archeologicznego; podobnie jak materiały z badań ratowniczych przeprowadzonych w tym samym (tj.1980) roku na dziedzińcu Muzeum bocheńskiego. W latach 1981-1999 działalność Działu Archeologicznego została zawieszona. Pomimo tego w okresie tym zbiory archeologiczne powiększyły się o materiały z badań sondażowych w rejonie Zamku Żupnego prowadzonych przez Kazimierza Regułę z Muzeum Żup Krakowskich w Wieliczce w 1993 r., oraz przede wszystkim o zabytki z badań w Bessowie, Okulicach, Ostrowie Szacheckim, pow. Bochnia, Strzelcach Małych i Strzelcach Wielkich oraz Wrzępi, pow. Brzesko z lat1995-1998. Badania te prowadził Jerzy Okoński w ramach projektu badawczego(1H01G 021 09) pt. „Mikroregion osadniczy na prawobrzeżu dolnego biegu Raby” realizowanego wspólnie z bocheńskim Muzeum. Z chwilą reaktywacji Działu Archeologicznego w sierpniu 1999 r. stanowiło go 112pozycji Katalogu Naukowego Muzealiów Archeologicznych obejmującego przede wszystkim zabytki wydzielone (narzędzia kamienne i krzemienne, zabytki ze skór, kości i metalu oraz całe naczynia ceramiczne) oraz materiał masowy (fragmenty ceramiki, szkła, kafli i fajansu) z badań dworu w Wieruszycach; obejmującego zatem jedynie część wszystkich materiałów zgromadzonych w jednej z piwnic zamienionej na Magazyn Zbiorów Archeologicznych. Dział obejmuje również gromadzoną od lat dokumentację techniczną badań prowadzonych w mieście i jego okolicach. Po dużym zakupie blisko 80 książek w roku 1999, biblioteka Działu liczy ponad 250 pozycji .Archeologia obecna jest także w ekspozycji na wystawie stałej, chociaż w minimalnym zakresie. Możliwości Działu Archeologicznego na tym polu są o wiele większe.
