Początek istnienia księgozbioru muzealnego sięga roku 1959 i łączy się z osobą Stanisława Fischera, którego kolekcja stała się zaczątkiem zbiorów bocheńskiego muzeum. Wśród ofiarodawców cennych publikacji byli także: Marcin Samlicki, Anna Kasprzyk, Kazimierz Kaczmarczyk, Jan Kaczmarczyk, Bogusław Jarosławiecki, Piotr Galas, Gabriel Laub oraz wiele innych osób prywatnych a także instytucji.
Czytelnia ma charakter naukowy, jej zbiory związane są z profilem działalności muzeum i pogrupowane są w działach: archeologia, etnografia, religia, sztuka, literatura piękna, historia. Osobny dział stanowi księgozbiór Marcina Samlickiego, przekazany do muzeum przez artystę–malarza zapisem testamentalnym. Obejmuje on publikacje dotyczące historii sztuki, albumy, przewodniki muzealne i turystyczne. Książki, przeważnie w języku niemieckim i francuskim, opatrzone są odręcznym podpisem właściciela.
Z księgozbioru muzealnego wyodrębniono prace bochnian oraz prace dotyczące Bochni i Bocheńszczyzny (teren powiatu bocheńskiego przed 1975 r.). Wśród ich autorów znajdują się m.in. Kazimierz Brodziński, Franciszek Bujak, Jan Brzękowski, Gejza Bukowski, Daniel Duda, Stanisław Fischer, Walenty Gadowski, Piotr Galas, Kazimierz Kaczmarczyk, Józef Korpała, Władysław Kuc, Władysław Kupiszewski, Gabriel Laub, Jan Ptaśnik, Józef Seruga, Tadeusz Skoczek, Eugeniusz Słuszkiewicz, Ludwik Stasiak, Antoni Waśkowski i wielu innych.
Ponadto gromadzone są monografie poszczególnych miejscowości powiatu bocheńskiego oraz opracowania dotyczące historii i zabytków.
W dziale tym umieszczono także wydawnictwa własne muzeum: Bibliotekę Czwartkowych Spotkań Muzealnych, „Rocznik Bocheński”, katalogi wystaw czasowych i inne druki, w tym zaproszenia i afisze, zapowiadające organizowane w muzeum wydarzenia. Dla czytelników dostępne są czasopisma specjalistyczne z zakresu archeologii: Materiały Archeologiczne, Sprawozdania Archeologiczne; etnografii: Prace Etnograficzne, Rocznik Muzeum Etnograficznego w Krakowie, Lud, Etnografia Polska, Konteksty; historii:Karta, Kwartalnik Historii Kultury Materialnej, Studia Historyczne, Kwartalnik Historyczny, Zeszyty Naukowe UJ , Rocznik Krakowski; historii sztuki: Biuletyn Historii Sztuki, Ochrona i Konserwacja Zabytków, Muzealnictwo, Teki Krakowskie, Zdarzenia Muzealne; religii: Currenda. Pismo Urzędowe Diecezji Tarnowskiej, Rocznik Diecezji Tarnowskiej, Schematyzm Diecezji Tarnowskieji inne. Czytelnia posiada w swoich zbiorach oprawione roczniki takich czasopism jak: „Tygodnik Powszechny”, obejmujące lata 1960, 1961, 1964, 1967, 1968, 1970, 1972, 1974, 1976, 1977; „Przekrój”: 1956–1962, 1964, 1969–1979, 1981–1987; „Mówią Wieki”: 1958, 1969, 1970, 1971, 1972, 1973, 1976 – 1989, 1991 – 1999; „Tygodnik Solidarność”: nr 1–37 za 1981 rok; „Autoportret : pismo o dobrej przestrzeni”: 2003–2008; „Spotkania z zabytkami”: 1985–2008.
Spośród lokalnych czasopism dostępne są dla czytelników: „Kronika Bocheńska”, „Ziemia Bocheńska”, „Wiadomości Bocheńskie”, „Czas Bocheński”, „Moja Bochnia i Powiat”, „Głos Parafii”, „Zwiastun Maryi”, „Źródełko” i inne pisma wydawane prze różne instytucje działające na terenie powiatu bocheńskiego.
Osobne archiwum stanowią wycinki prasowe dotyczące Bochni i Bocheńszczyzny pochodzące z czasopism z początku XX wieku oraz artykuły z Dziennika Polskiego obejmujące lata 1994–2008.
Księgozbiór, liczący ponad 6 tys. pozycji, stanowi zaplecze naukowe dla pracowników muzeum, ale jest także udostępniany szerszemu gronu czytelników. Zbiory systematycznie powiększają się poprzez zakupy, dary a także wymianę biblioteczną z innymi instytucjami.
Z książek i innych materiałów bibliotecznych można skorzystać wyłącznie na miejscu w czytelni muzealnej, czynnej we wtorki, środy, piątki w godzinach od 10.00 do 15.00, w czwartki od 11.30 do 16.30.
tel. 14 612 24 26; 14 612 32 85 w. 7