Ten lubiany przez publiczność muzealną dzień zapoczątkowało skromne Czwartkowe Spotkanie Muzealne 6 grudnia 2001 roku, podczas którego Jan Flasza wygłosił referat „Święty Mikołaj i Bochnia”. Odtąd, z roku na rok, program tego szczególnego wieczoru stawał się coraz bogatszy. Ideą, która przyświeca organizatorom przedsięwzięcia jest włączenie się w nurt działań mających na celu przywrócenie św. Mikołajowi wizerunku biskupa jako dyskretnego dobroczyńcy. – Wbrew temu, co do znudzenia funduje nam współczesna kultura masowa pokazująca natrętnego, wszędobylskiego krasnala w czerwonej czapeczce z zaprzęgiem reniferów.
W 2002 roku na Bocheński Dzień Świętego Mikołaja złożyły się: rozstrzygnięcie konkursu „Święty Mikołaj – patron dyskretnej filantropii” połączone z otwarciem wystawy prac plastycznych, prezentacja nagrodzonych prac literackich (najciekawszą opublikowano w „Kronice Bocheńskiej”) oraz koncert kwartetu smyczkowego ARCO. Po raz pierwszy przyznano też honorowe wyróżnienie „Benefactor Musei” (Dobroczyńca Muzeum) osobom szczególnie zasłużonym dla tej instytucji. Odtąd tradycją stały się też jabłka, którymi publiczność może częstować się do woli. – Trzy jabłka, trzy sakiewki, trzy złote kule, to przecież najczęściej spotykane atrybuty Świętego.
Podczas III Bocheńskiego Dnia Świętego Mikołaja, w jubileuszowym dla Bochni roku 2003, otwarto wystawę „Z Bochni do Watykanu. Z Watykanu do Bochni” oraz wręczono dyplom tytułu „Benefactor musei 2003” księdzu arcybiskupowi Henrykowi J. Nowackiemu, nuncjuszowi apostolskiemu na Słowacji – ofiarodawcy cennych pamiątek związanych z pontyfikatem papieża Jana Pawła II. Otwarto również w tym dniu ekspozycję „Święty Mikołaj – patron dyskretnej filantropii” oraz dokonano uroczystego „wypalenia” okazałej rzeźby ceramicznej św. Mikołaja autorstwa Eugeniusza Molskiego (obecnie eksponowana jest na dziedzińcu muzeum).
Wydano „Skarbczyk Świętego Mikołaja”, w którym dokonano swoistej inwentaryzacji wyobrażeń plastycznych Świętego Mikołaja w kościołach i kapliczkach rejonu bocheńskiego (m. in. Bochnia, Brzezie, Brzeźnica, Chełm, Jodłówka, Królówka, Łapanów, Lipnica Murowana, Tarnawa, Trzciana, Żegocina). Świętomikołajowe specjały – ciastka, napoje warzywno-ziołowe, oraz pachnące sakiewki ziołowe Świętego Mikołaja z logo 750. lecia miasta Bochni, przygotowali uczniowie Zespołu Szkół im. prof. Jana Zdzisława Włodka w Dąbrowicy.
Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2004 roku potwierdził, że jego program i formuła mogą być coraz bardziej atrakcyjne i zaskakujące. Najpierw autorską „Balladę o Świętym Mikołaju” wykonał Grzegorz Kapcia. Muzykolog Magdalena Stawowy mówiła o kulcie Świętego Mikołaja i jego wymiarze muzycznym. Prezentowano także świeżo wydaną płytę „Drobiazgi” kwartetu smyczkowego ARCO oraz otwarto wystawę fotograficzną „Zastępy anielskie” Małgorzaty Duśko. Prawdziwą rewelacją wieczoru okazał się jednak efektowny pokaz artystyczny „Angelologia” w wykonaniu uczniów Zespołu Szkół Technicznych i Ogólnokształcących w Łysej Górze pod kierunkiem Krystyny Gurgul, która zaprojektowała kostiumy, biżuterię i ułożyła choreografię.
W tym samym 2004 roku Rada Miejska podjęła, z inicjatywy bocheńskiego muzeum, uchwałę o nadaniu nazwy Zaułek Świętego Mikołaja traktowi pieszemu łączącemu ulicę Gołębią z Plantami Salinarnymi. W tym wdzięcznie i ciepło brzmiącym terminie kryje się wiele symbolicznej treści. Imię Świętego Mikołaja jest przecież od połowy XIII wieku ściśle związane z kościołem bocheńskim. Rok temu na ścianie budynku przy Zaułku Świętego Mikołaja pojawiła się ceramiczna płaskorzeźba św. Mikołaja wykonana przez uczniów Liceum Plastycznego w Nowym Wiśniczu pod kierunkiem Andrzeja Stracha.
W muzealnym zaproszeniu na V Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2005 roku napisano: „Polubiliśmy chyba wszyscy ten dzień. Trudno przecież, aby było inaczej w mieście, które ponad siedem i pół wieku temu Jego właśnie obrało za patrona swojej pierwszej świątyni. Bo był nie tylko wspomożycielem kupców nawiedzających coraz częściej tę ziemię, lecz także górników, którzy od XIII wieku zasiedlali ją, aby wydobywać jej największe bogactwo – sól, w tamtym czasie kruszec równie cenny jak złoto. Co roku obchodzimy ten dzień inaczej, starając się – podobnie jak jego Patron – rozsypywać przed Państwem różnorakie niespodzianki”.
Muzeum im. prof. Stanisława Fischera oraz Wydział Promocji i Rozwoju Miasta Bochni Urzędu Miejskiego zaproponowali publiczności trzy symboliczne sakiewki Świętego Mikołaja. W pierwszej znalazło się wystąpienie mgr Pauliny Rosiek, absolwentki filozofii KUL, która mówiła podjęła próbę zastanowienia się wraz z publicznością nad odwiecznym pytaniem stawianym przez ludzi: czym jest dobro? Symboliczna druga sakiewka zawierała opowieść lek. stom. Izabeli Karasińskiej, autorki książki Pod słońcem Beskidów, pod gwiazdą szanraku, czyli o tym, że nawet w środku Azji można spotkać Świętego Mikołaja. W trzeciej sakiewce znalazły się dwie wystawy: ikon Świętego Mikołaja ze zbiorów Muzeum Sariskiego w Bardiowie na Słowacji, której dokonał dyrektor tegoż muzeum dr František Gutek oraz malarstwa Angeliki Sadzy pt. Dzieci czekają, do nich przychodzi…
W 2006 roku program VI Bocheńskiego Dnia Świętego Mikołaja obejmował: odśpiewanie Pieśni o Świętym Mikołaju przez Bocheński Chór Kameralny działający przy Miejskim Domu Kultury; wręczenie dyplomu Benefactor Musei 2006, spotkanie nt. Zabawka drewniana wobec współczesności z Barbarą i Wojciechem Bajorami, twórcami zabawek wytwarzanych w Kamionnej w powiecie bocheńskim oraz otwarcie wystawy dziadków do orzechów z kolekcji Adrianna Winnickiego – Orzechołom, ząb, ściskawka.
W 2007 roku programie VII Bocheńskiego Dnia Świętego Mikołaja, ozdobionym zdjęciem witraża w oknie ściany szczytowej bazyliki św. Mikołaja w Bochni, wykonanego w 1888 r. przez warszawski zakład witraży S. Łukasza znalazły się następujące atrakcje: nadanie tytułu „Benefactor Musei 2007”, wykład historyka sztuki, Marii Ołdakowskiej z Lublina pt. „Oto jestem, albowiem wołaliście mnie” – wybrane zagadnienia z ikonografii Świętego Mikołaja, degustacja bocheńskiego piernika ze Świętym Mikołajem, koncert muzyki renesansowej i barokowej zespołu w składzie: Patrycja Waśko – instrumenty perkusyjne, Wojciech Gnutek – flet sopranowy, Jakub Jasiński – flet altowy, okaryna, Anetta Jasińska – flet tenorowy, gitara. Każdy z uczestników otrzymał wydany przez Wydział Promocji i Rozwoju Miasta – partnera projektu – jednokartkowy druk bibliofilski, ręcznie numerowany, pt. „Przykazania domowe dla mieszkańców i ludzi dłużej niż trzy dni w domu bytujących” obowiązujące w hruszowskim dworze Marii Rodziewiczówny, wydany po raz pierwszy w 1937 roku w Poznaniu (w muzeum bocheńskim znajduje się egzemplarz z tej właśnie edycji z odręcznym autografem pisarki).
W 2008 r. Bocheński Dzień Świętego Mikołaja miał następujący program: nadanie tytułu „Benefactor Musei 2008” pani Marii Ćwioro oraz panu Leonowi Gawądowi; wykład dr Izoldy Topp (Uniwersytet Wrocławski), Od daru do prezentu. O przemianach postaci św. Mikołaja w kulturze; degustacja bocheńskiego piernika ze Świętym Mikołajem; prezentacja świętomikołajowego prezentu-niespodzianki [Boży Rok – zestaw kartek świątecznych zaprojektowanych przez Ludwika Stasiaka wydanych wspólnie przez Muzeum w Bochni oraz Wydział Promocji i Rozwoju Urzędu Miejskiego w Bochni w nakładzie 500 egzemplarzy].
Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2009 roku miał następujący program: Wręczenie wyróżnienia honorowego „Benefactor musei 2009”, Opowieści o dobrych ludziach w dziejach Bochni (także z udziałem publiczności), Koncert Teatru Jednego Rapsoda – niedokończony recital jubileuszowy Janusza Grzesza, Dzwoneczki św. Mikołaja – prezent dla publiczności, wykonany przez uczniów Liceum Plastycznego im. Jana Matejki w Nowym Wiśniczu, Pierniki św. Mikołaja – prezent dla publiczności, ufundowany przez Urząd Miasta Bochnia.
Program Dnia Świętego Mikołaja w 2010 roku to: nadanie wyróżnienia „Benefactor musaei 2010” osobom szczególnie zasłużonym dla muzeum, otwarcie wystawy Pan Jezus, św. Mikołaj ludzie i anioły. Twórczość Madejów – rzeźbiarzy z Dziewina. Opowieść o Antonim Langerze (1855–1910), twórcy orkiestry górniczej. Koncertem pod Świętym Mikołajem w wykonaniu Bocheńskiej Orkiestry Górniczej, której patronuje Antoni Langer.
Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2011 r. wypełnił wykład dr Tomasza Zauchy (Muzeum Narodowe w Krakowie. Oddział Pałac Biskupa Erazma Ciołka) pt. O świętym Mikołaju w dawnej sztuce i tradycyjne obdarowanie piernikami. Tytuł „Benefactor musaei” przyznano Annie Pawłowskiej z Krakowa, wieloletniej artystce konserwatorce dzieł sztuki w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie, która ofiarowała muzeum bocheńskiemu meble, pamiątki oraz fotografie pochodzące z rodzinnego domu w Mikluszowicach, a także obrazy na szkle autorstwa siostry, Zofii Pawłowskiej.
W 2012 r., Koncert niebiańskich melodii na fletni Pana zagrał Janusz Gajec, zaś bochnianin, Stanisław Dębosz mówił o tym, jak dziś można skutecznie pomagać Polakom na Litwie. Otwarto także wystawę pt. Kalendarz bocheński na rok 2013, dla uczczenia przypadającej w 2013 r. 760. rocznicy lokacji miejskiej Bochni. Dyplom tytułu „Benefactor musaei” otrzymała Kinga Kasprzyk-Cetnarowicz, artystka konserwatorka dzieł sztuki, za ofiarowanie muzeum ponad trzech setek obrazów, rysunków i szkiców swojego ojca, artysty malarza Waleriana Kasprzyka (1912-1992).
W 2013 r. na program złożyło się nadanie wyróżnienia „Benefactor musaei” Stefanii Zydroń z Bochni za ofiarowanie muzeum prac i pamiątek dotyczących jednego z najciekawszych twórców bocheńskiego środowiska plastycznego, Franciszka Mollo (1897-1967), wykonanie piosenek skomponowanych przez Andrzeja Zaryckiego do słów Andrzeja Pacuły i Henryka Rejmera przez Adriannę Zborowską z towarzyszeniem Walentyna Dubrowskiego (fortepian), muzyczna historia rodzinna Chodorowskich – kapelmistrzów orkiestry dętej kopalni soli w Bochni w świetle ciekawego zabytku z 1889 roku, oraz obdarowanie publiczności piernikami i niespodziankami.
Tytuł „Benefactor musaei 2014” otrzymała Dorota Błoniarczyk za niezwykłe zaangażowanie w długotrwały i zarazem mozolny proces pozyskania oraz rozliczenia środków na realizację projektu pod nazwą „Renowacja Muzeum im. St. Fischera” w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego. Otwarto również wystawę Witolda Fleszara Święty Mikołaj Cudotwórca – patron mojej pracowni. Zespół Cantica Sacra w składzie Paulina Tkaczyk (flet traverso i klawesyn), Bogumiła Gizbert-Studnicka (klawesyn) wykonał utwory Christlieba Siegmunda Bindera, Wolfganga Amadeusa Mozarta i Astora Piazzolli. Otwarto drugą wystawę pt. Święty Mikołaj – patron królewskiego miasta Stara Lubownia, przygotowaną przez Ľubovnianske muzeum. Hrad v Starej Ľubovni. O św. Mikołaju w okolicach Starej Lubowni mówił Peter Žarnovský. Tradycyjnie z piernikami przybył św. Mikołaj.
Na program Bocheńskiego Dnia Świętego Mikołaja w 2015 r. złożyły się następujące wydarzenia: nadanie wyróżnienia „Benefactor musaei” Komendzie Powiatowej Państwowej Straży Pożarnej w Bochni za szczególne zaangażowanie w ochronę zabytkowego budynku naszego muzeum w czasie gwałtownych zjawisk atmosferycznych. Jan Flasza przedstawił temat: Szaleństwa krasnala w czerwonej czapce, czyli multimedialna impresja o tym, jak skradziono nam Świętego Mikołaja.
Uroczysty charakter wieczoru podkreślił świętomikołajowy występ uczniów Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni pod kierunkiem Bożeny Wojciechowskiej i Małgorzaty Migas. Na zakończenie licznie zgromadzona publiczność została obdarowana przez św. Mikołaja tradycyjnymi piernikami, ufundowanymi przez Urząd Miasta.
6 grudnia 2016 r. Święty Mikołaj przybył do naszego muzeum z Domu Greckiego, będącego siedzibą Muzeum Regionalnego w Myślenicach. Niezwykłą czternastowieczną rzeźbę – najstarszy eksponat w tamtejszych zbiorach zaprezentowała dyrektor placówki, Bożena Kobiałka. Następnie prof. dr hab. Andrzej Zięba (Instytut Etnologii i Antropologii Kulturowej UJ) wygłosił wykład pt. Ormianie i orientalizacja, czyli jak handel zmienił kulturę staropolską. Świętomikołajowy koncert dali uczniowie Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni pod kierunkiem Bożeny Wojciechowskiej i Małgorzaty Migas. Jak co roku św. Mikołaj, który przybył na zakończenie wieczoru, obdarował publiczność piernikami.
XVII Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2017 r. miał następujący program: Grzegorz Kapcia wykonał autorską Pieśń o świętym Mikołaju; występ uczniów Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni; Z obiektywem wśród świętych – Jacek Kubiena prezentował swoją sztukę fotografowania zabytków. Otwarto wówczas wystawę pt. Złota batuta profesora Katlewicza. Prezentacja daru Beaty Katlewicz, córki wybitnego dyrygenta i Honorowego Obywatela Królewsko-Górniczego Miasta Bochni dla bocheńskiego muzeum. Ofiarodawczyni otrzymała nasze honorowe wyróżnienie „Benefactor musaei”. Pieśń Kolęda z ziarnka soli – specjalnie napisaną na tę okoliczność, ze słowami Andrzeja Pacuły i muzyką Tadeusza Apryjasa – wykonali Antonina Korta, Tadeusza Apryjas i Grzegorz Kapcia. Bogaty we wrażenia artystyczne wieczór zwieńczyła tradycyjna wizyta świętego Mikołaja z piernikami
XVIII Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2018 roku wypełniły następujące punkty programu: nadanie wyróżnienia „Benefactor musaei” Michałowi Kuchnikowi, jednemu z najstarszych i najwierniejszych uczestników wydarzeń organizowanych przez muzeum bocheńskie, koncert uczniów Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni: kwartetu:
Julia Stompór – I skrzypce, Karolina Filipek – II skrzypce, Justyna Styczeń – altówka, Wiktoria Banaśkiewicz – wiolonczela, który wykonał Alexandra Borodina – Kwartet smyczkowy Nr 2 D-dur. Ponadto wystąpili Gabriela Stolińska – śpiew, Jan Kubas – śpiew, Izabela Szymańska-Skrukwa – fortepian, wykonując utwory: A. Dworzaka, P. Łukaszewskiego, S. Niewiadomskiego, F. Nowowiejskiego i R. Schumanna. Inga Widlińska, artystka-konserwatorka dzieł sztuki wygłosiła wykład pt. Historia w murach zapisana. Konserwacja i restauracja fasady zachodniej bazyliki św. Mikołaja w Bochni w 2018 roku.
Na XIX Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2019 roku złożył się następujący program: nadanie wyróżnienia „Benefactor musaei 2019” pani Janinie Opalińskiej z Bochni – córce rzeźbiarza ludowego Stanisława Opalińskiego (1926-2019), za ofiarowanie Muzeum jego rzeźb. O Stanisławie Opalińskim słów kilka oraz o okolicznościowej ekspozycji wygłosiła dr Iwona Zawidzka, zaś Jan Flasza przedstawił w prezentacji multimedialnej temat: Święty Mikołaj wraca do Bochni. Wizerunki patrona w Bochni i powiecie bocheńskim. W dalszej części wieczoru wystąpiła orkiestra smyczkowa Państwowej Szkoły Muzycznej II stopnia w Bochni pod dyrekcją Tomasza Półtoraka. W programie: G. Holst – St Paul’s Suite część I Jig, W. Lutoslawski – 5 melodii ludowych na zespół smyczkowy, A. Piazzolla – Melodia en La menor, P. Czajkowski – Elegia na orkiestrę smyczkową, A. Piazzolla – Libertango, G. Ballard, A. Silvestri – The Polar express. Na koniec uczestnicy zostali tradycyjnie obdarowani piernikami, specjalnie na ten dzień przygotowanymi przez Urząd Miasta w Bochni.
W 2020 roku Bocheński Dzień Świętego Mikołaja nie mógł się odbyć ze względu na obostrzenia w dotychczasowej formie, jednakże zgodnie z tradycją został przyznany tytuł „Benefactor musei” dla osoby, która w mijającym roku szczególnie zasłużyły się dla naszej instytucji. Otrzymała go pani Bożena Mularczy, która ofiarowała muzeum 25 obrazów olejnych swojego teścia – bocheńskiego artysty malarza Józefa Mularczyka (1916-2009). Dyplom Benefactora wręczył ofiarodawczyni i laureatce w niu 8 grudnia 2020 roku dyrektor muzeum Jan Flasza.
W XX Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2021 roku gościliśmy z Muzeum Etnograficznego im. Seweryna Udzieli w Krakowie Beatę Skoczeń-Marchewkę, która wygłosiła wykład „Nobliwy biskup i jowialny krasnal. O różnych obliczach Mikołaja”. W dalszej części programu odbył się koncert „Mikołajowe smyczkowanie”, podczas którego wystąpili uczniowie Państwowego Zespołu Szkół Muzycznych w Bochni.
XXI Bocheński Dzień Świętego Mikołaja w 2022 roku był okazją do wysłuchania wykładu Anetty Stachoń „Mikołaj – imię inne niż wszystkie” a także koncertu świątecznego kwartetu klarnetowego Claro Negro Clarinet Quartet. Odbyła się również promocja I tomu „Muzealnych Marginaliów”.