Ekspozycja stała
Ekspozycja stała obejmuje: kolekcję dawnej rzeźby i malarstwa ludowego zwyczaje i obrzędy regionu bocheńskiego, kultury pozaeuropejskie (Afryka, Ameryka Pd., Azja), archeologię regionu, dzieje Bochni ze szczególnym uwzględnieniem Kopalni Soli, pamiątek cechowych, powstań narodowych, historii miejscowego szkolnictwa, tradycji piśmiennictwa i drukarstwa bocheńskiego. Prezentuje także judaika oraz galerię malarstwa polskiego XIX – XX w., (T. Axentowicz, O. Boznańska, J. Fałat, S. Filipkiewicz, A. Karpiński, J. Malczewski, T. Makowski, J. Stanisławski, W. Tetmajer, K. Tichy, W. Wodzinowski, L. Wyczółkowski), malarstwa bocheńskiego XIX – XX w. (S. Fischer, K. Gulik, F. Hanusz, T. Łosik, W. Kasprzyk, S. Klimowski, K. Mien, F. Mollo, F. Pilarz, M. Samlicki, B. Serwin, L. Stasiak), portret polski i obcy XVII – XX w. Muzeum organizuje liczne wystawy zmienne ze zbiorów własnych i innych. Współpracuje z wieloma muzeami i innymi instytucjami kultury w kraju a także za granicą, m. in. z Muzeum Narodowym w Krakowie, Biblioteką Jagiellońską, Muzeum w Kieżmarku (Słowacja), Muzeum Spiskim w Lewoczy (Słowacja) i Muzeum w Bad Salzdetfurth (Niemcy).
Spotkania czwartkowe
Od 1983 r. zaprasza na Czwartkowe Spotkania Muzealne obejmujące wykłady i odczyty z zakresu szeroko rozumianej humanistyki. Prowadzi działalność naukowo – badawczą w zakresie problematyki regionalnej i publikuje wyniki badań w serii Biblioteka Czwartkowych Spotkań Muzealnych oraz w „Roczniku Bocheńskim”. Organizuje spotkania z cyklu „Z Bochni w świat. Ze świata do Bochni.” Prowadzi zajęcia edukacyjne z młodzieżą szkół średnich z zakresu historii i archeologii.
Badania naukowe
Udostępnia dla celów naukowych bogaty zbiór archiwaliów, wśród których są również dokumenty pergaminowe, starodruki czołowych oficyn europejskich i polskich XV – XVIII w., stare fotografie, pocztówki, zbiory kartograficzne, unikatowe plany i mapy salinarne XVIII – XX w. Do dyspozycji badaczy są także: grafika i rysunki, rzeźba i rzemiosło artystyczne XVII – XX w., numizmatyka obca i polska IV w p. n. e. – XX w., zbiory archeologiczne i przyrodnicze, specjalistyczny oraz zasobny księgozbiór z zakresu muzealnictwa, archeologii, etnografii, historii i historii sztuki.
Program działania
Zgodnie z ustawą o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej na podstawie art. 15 ust. 5a z dnia 25 października 1991 w związku z powołaniem nowej osoby na stanowisko dyrektora instytucji kultury zamieszcza się do publicznej wiadomości program działania Muzeum im. prof. Stanisława Fischera w Bochni dostępny na stronie Biuletynu Informacji Publicznej https://bip.malopolska.pl/mipsfischera,a,1984252,program-dzialania-muzeum-im-prof-stanislawa-fischera-w-bochni.html